Lyseolla on monenlaista pajatoimintaa, joka auttaa opiskelijoita kehittämään omia opiskelun taitojaan sekä tarjoaa tukea opintojen etenemiseen. Mikäli jokin opintoihin liittyvä työ meinaa jäädä tekemättä, voi sen tulla tekemään ns. rästipajaan, joka järjestetään vähintään kerran jaksossa.
Matematiikkatutorit pyörittävät matikkapajaa, johon voi tulla tekemään vaikkapa kotitehtäviään. Lisäksi Lyseolla toimii Matematiikan ja luonnontieteiden seura Sigma, joka on Kuopion luonnon ystävien yhdistyksen alainen toimintaseura. Sigma tarjoaa tukea mm. kerran jaksossa järjestettävän kertauspajan muodossa. Tämä ns. Long Lesson järjestetään vapaaehtoisvoimin lauantaiaamupäivänä kunkin jakson loppupuolella.
Tukea opintoihin tarjoaa myös erityisopettaja sekä hänen järjestämänsä opiskelutaitojen paja. Lyseolla opiskelija ei jää ongelmansa kanssa yksin.
